José Joaquín Ugarte Godoy recibió el título de Licenciado en Derecho en la Facultad de Derecho de la Pontificia Universidad Católica de Chile en 1970, donde obtuvo los premios Tocornal y Montenegro. Realizó estudios de Filosofía en la misma universidad durante los años 1970 y 1971. Fue designado profesor titular de Filosofía del Derecho en 1975 y de Derecho Civil en 1980, cátedras que mantiene hasta hoy. Ha impartido clases de Bioética en el programa de Magíster en Bioética de la Facultad de Medicina de la PUC. En 2014 fue hecho miembro de número de la Academia de Ciencias Sociales, Políticas y Morales del Instituto de Chile. Como abogado se dedica al ejercicio libre de la profesión.